04 Jun Biotecnología y post-verdad

Es bien conocida una maldad periodística que reza “no dejes que la verdad te arruine una buena noticia”. Lo que quizás es menos conocido es que la creciente ola de post-verdad y hechos alternativos que sufrimos actualmente en nuestra sociedad también ha llegado a las revistas científicas, el canal habitual de difusión y comunicación de experimentos y avances científicos. Con relativa frecuencia, de forma inexplicable, llegan a publicarse en revistas científicas punteras, las más prestigiosas, resultados e interpretaciones de los mismos que, o bien son incorrectos, o no se ajustan a la realidad, o bien tienen explicaciones alternativas o bien, desafortunadamente, son producto de la manipulación o invención de sus autores. Naturalmente estas publicaciones no pasan desapercibidas. Frecuentemente acaban impactando en la sociedad científica y en la opinión pública, donde acaban causando furor, generando falsas expectativas, o temor, desatando miedos y problemas injustificados. Y normalmente todo ello ocurre rápidamente, sin esperar a una lectura reposada y crítica de estos resultados, con comentarios de expertos en el tema que los contextualicen y sitúen en su adecuada relevancia.

Ratones editados con las herramientas CRISPR (Laboratorio de Lluís Montoliu en el CNB-CSIC)

El penúltimo de estos episodios en Biotecnología lo hemos vivido esta semana pasada, con la publicación el 30 de mayo de un artículo breve en la revista Nature Methods, en el que sus autores, Schaefer y colaboradores, de las Universidades estadounidenses de Stanford (CA), Iowa (IO) y Columbia (NY), y otras instituciones, indicaban que el uso de las herramientas CRISPR en experimentos de edición genética in vivo, en ratones, conllevaba la aparición de un número inesperadamente alto de mutaciones en el genoma de los animales editados. Utilizando estrategias de secuenciación masiva los autores habían logrado observar miles de mutaciones en los ratones editados con CRISPR en múltiples genes que parecían tener su origen en las propias herramientas CRISPR. El título de la publicación, escueto y directo: “Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo” no dejaba lugar a matizaciones e, inmediatamente, fue repicado y repetido en múltiples artículos de prensa y medios electrónicos, también en nuestro país, en diversos medios. Las extraordinarias herramientas CRISPR de edición genética, descubiertas por el microbiólogo español Francis Mojica, ¡puestas en cuestión!, presentadas como responsables de un terremoto mutacional en el genoma de los animales editados. Un aparente tremendo jarro de agua fría ante las grandes expectativas que estas herramientas habían suscitado en biomedicina y en terapia génica.

Obviamente tal noticia corrió como la pólvora en las redacciones y, también, en las Bolsas. Empresas relacionadas con la tecnología CRISPR, como Editas Medicine, CRISPR Therapeutics o Intellia Therapeutics perdieron esos días millones de dólares de su valor nominal, ante las repentinas y masivas solicitudes de venta de sus acciones, provenientes de inversores temerosos de que dicho artículo en Nature Methods diera al traste con las excelentes expectativas de negocio que anhelaban.

Cuando yo me entero de la noticia, y antes de leer el artículo de marras, me sorprende sobremanera la conclusión a la que llegan estos investigadores. No es nuestra experiencia. Nosotros no hemos visto estas mutaciones en nuestros ratones editados con CRISPR, modelos de enfermedades raras como el albinismo. Además, recuerdo un experimento similar, del laboratorio del Bill Skarnes, en el Sanger Institute (Hinxton, UK), también publicado en la revista Nature Methods en 2015, en el que la misma utilización de estrategias de secuenciación masiva lleva a estos autores a conclusiones opuestas. Esto es, las mutaciones no esperadas asociadas al uso de herramientas CRISPR son raras, y no aparecen, de forma significativa, tras analizar conziedudamente diversos ratones editados con CRISPR.

Me llevó algunas horas poder acceder al artículo actual de Nature Methods, al suplemento con resultados complementarios y, en especial, al artículo inicial del que éste deriva, publicado en 2016, en el que los autores describían la generación de estos ratones editados con CRISPR, dentro de sus investigaciones en retinosis pigmentaria, determinando la causa genética de una mutación clásica en ratones, rd1, asociada a esta enfermedad rara que produce degeneración en la retina de estos animales, y también de las personas afectadas por la misma patología. La lectura atenta de los datos, y su contextualización con otros artículos similares, me sugiere rápidamente que hay otras explicaciones alternativas que permiten explicar las mutaciones que observan estos autores. Ellos usan, para la obtención de sus ratones editados, unos reactivos CRISPR poco comunes. En lugar de usar reactivos CRISPR basados en RNA o proteína (como usamos nosotros y como usó Bill Skarnes para su estudio de 2015) también incluyen en la mezcla microinyectada plásmidos, moléculas de DNA productoras de las guías necesarias que también contienen el gen de una variante de la nucleasa Cas9. La presencia de moléculas de ADN, cuya capacidad de integrarse al azar, de generar mutaciones por inserción y efectos de posición, es conocida desde hace muchos años, y un exceso de producción de la nucleasa Cas9 bien podrían haber contribuido a la aparición de mutaciones inesperadas. Este sería pues un primer error de diseño experimental, no atribuible pues a las propias herramientas CRISPR. Pero todavía hay muchos más.

Las dudas surgen también en otros investigadores, y rápidamente compartimos nuestros comentarios críticos a través de twitter. Una publicación electrónica, The Conversation, decide contactarnos y recoge un buen número de estas primeras críticas en un artículo que ya empieza a sembrar dudas sobre la supuesta credibilidad de los resultados incluidos en Nature Methods. Nuevos comentarios que aparecen en nuestro país, como el artículo de Francisco R. Villatoro en su blog, incorporan prudentemente la posibilidad de que otras interpretaciones alternativas, y errores en el diseño experimental, puedan ser responsables de las mutaciones observadas. Adicionalmente, aparecen comentarios en la propia entrada de la publicación en la base de datos PubMed que detectan multitud de errores, algunos graves, en los resultados presentados.

La refutación definitiva de los datos y conclusiones publicadas en el artículo de Nature Methods llega de nuevo de la mano de Gaetan Burgio, genetista de la ANU (Canberra, Australia), experto en edición genética y usuario habitual de las herramientas CRISPR. Burgio publica en un blog de ciencia abierta su visión e interpretación de los experimentos reportados. Gaetan resalta los errores en el diseño experimental, el escasísimo número de muestras analizadas (apenas dos ratones editados con CRISPR y un solo ratón control no editado) y, sobre todo, los errores adicionales en el proceso bioinformático de filtrado de los datos de secuenciación masiva, junto con la variabilidad genética presente en los individuos de la cepa de ratón utilizada, como los causantes de las aparentes mutaciones detectadas. Todo ello le lleva a concluir que la mayoría, sino todas, las mutaciones observadas tienen poco, o nada, que ver con las herramientas CRISPR y sí mucho, o todo, que ver con la estrategia experimental usada y con el proceso analítico bioinformático erróneamente aplicado. Es decir, en Román paladino: mucho ruido para tan pocas nueces. Los temores y la respuesta mediática (y bursátil) estaban totalmente injustificados.

En menos de una semana, el análisis a través de las redes sociales de los resultados publicados en el artículo de Nature Methods, ha permitido encontrar interpretaciones alternativas, y detectar múltiples errores en los experimentos, que explican las mutaciones que los autores encuentran. Resulta de nuevo sorprendente que una revista de esta categoría no haya detectado estos errores, algunos muy obvios, durante el proceso de revisión y edición de este artículo. Y resulta todavía más preocupante que, sin la esperable prudencia que requiere interpretar cualquier resultado inesperado, opuesto a lo conocido en el campo, se lanzaran a publicarlo, causando imprudentemente el estropicio mediático y económico que todavía continua. El daño ya está hecho. Me temo que muchos de los medios que publicaron la noticia de que las herramientas CRISPR no eran tan seguras como se les suponía no publicaran ahora los hallazgos que demuestran que es un estudio mal hecho y lleno de errores experimentales, y que sus conclusiones tan estridentes no estaban fundamentadas. La post-verdad ha llegado también a la Biotecnología.